Πρόκειται για τόπο που η ιστορία του ανάγεται στους βυζαντινούς χρόνους. Δίπλα στο χωριό έχει εντοπιστεί προϊστορικός οικισμός. Πρώτοι κάτοικοι ήταν μετανάστες από άλλα μέρη, όπως τη Δράβοστα και τα Μέταλλα.
Η ιστορία του αρχίζει, το έτος 1785, ίσως και παλιότερα γιατί στην περιοχή κατοικούσαν ήδη αρκετοί Τούρκοι. Στο δεύτερο μισό του 18ου αιώνα, κάτοικοι από την Δοβίστα και τα σημερινά Μέταλλα, μετακόμισαν στο Δαφνούδι, που τότε ονομάζονταν «Κάτω Νούσκα» . Το 1908 ονομάστηκε Δαφνούδι. Αφορμή για την αλλαγή, σύμφωνα με την παράδοση, στάθηκε η επίσκεψη του Βασιλιά Γεωργίου, στον οποίο οι κάτοικοι πρόσφεραν ένα στεφάνι από δάφνες, από τις οποίες προέκυψε το όνομα Δαφνούδι.
Το 1914, εγκαταστάθηκαν στην Ανατολική πλευρά του χωριού πρόσφυγες από την Δυτική Θράκη.

Η εκκλησία του Αγίου Αθανασίου είναι κτισμένη το 1835 πάνω στα ερείπια παλαιότερου Ναού.Πρόκειται για έναν επιβλητικό ναό, με εξαίσιες τοιχογραφίες.
Αναφορικά με το σχολείο του χωριού η ιστορία του ξεκινά το 1865 εποχή κατά την οποία το κρυφό «σχολειό» κρατούσε τα ηνία. Ένας ιερέας μέσα στην εκκλησία, καθισμένος στο σκαμνί και στο σκοτάδι, προσπαθούσε να μυήσει στις ελληνοχριστιανικές ιδέες τους λίγους μαθητές του. Τότε ήρθε στο χωριό ο πρώτος επίσημος διδάσκαλος ο Γεροδιδασκαλούδας. Κατόπιν οι επόμενοι δάσκαλοι παρακίνησαν τους γονείς και τα παιδιά να μεταφέρουν μαρμάρινες πλάκες από το Μενοίκιο όρος και να κατασκευάσουν το νάρθηκα του ναού του Αγίου Αθανασίου. Το 1922 έγινε η μεταφορά του σχολείου. Με τις δαπάνες των κατοίκων και της Κοινότητας, χτίστηκε ένα μεγαλοπρεπές κτίριο με μεγάλο προαύλιο και σπουδαία εσωτερική και εξωτερική διακόσμηση στο χώρο όπου σήμερα στεγάζεται και το ΚΑΠΗ Δαφνουδίου.

Το Δαφνούδι έχει μεγάλη προσφορά στους εθνικούς αγώνες. Ο Κονδράκης Νικόλαος και ο Αρίστος Νικόλαος υπήρξαν παλικάρια του Εμμανουήλ Παπά. Προς τιμήν αυτών, οι κάτοικοι έδωσαν τα ονόματα σε δυο κορυφές του Μενοίκιου, που βρίσκονται πάνω από το χωριό. Λέγεται ότι έπεσαν εκεί μαχόμενοι για την απελευθέρωση της πατρίδας ενώ αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι στο Μακεδονικό Αγώνα πήραν μέρος όλοι οι κάτοικοι του χωριού.

Χωριό 1.182 κατοίκων, το Δαφνούδι βρίσκεται σε πεδινή περιοχή 22χμ. ανατολικά από την πόλη των Σερρών (ή 13χμ. βορειοανατολικά από το Χρυσό) και σε μικρή απόσταση από την κατάληξη του ορεινού όγκου του Μενοίκιου.

Πανηγύρι Ζωοδόχου Πηγής
Κάθε χρόνο, την ημέρα εορτασμού της Ζωοδόχου Πηγής διοργανώνεται , στην πλατεία του χωριού και στο χώρο της ομώνυμης εκκλησίας, παραδοσιακό πανηγύρι.